澳門大學先後於2010年11月及2018年7月獲得中華人民共和國科學技術部批准設立三間國家重點實驗室，並於2025年1月順利通過重組為：中藥機制與質量全國重點實驗室 （澳門大學）（MQCM）、模擬與混合信號集成電路全國重點實驗室（澳門大學）（AMSV）及智慧城市物聯網全國重點實驗室（澳門大學）（IOTSC）。

中藥機制與質量全國重點實驗室（MQCM）聚焦中藥作用機制和質量研究，致力於推動中藥現代化與國際化進程，服務國家及澳門中醫藥產業發展，並加強基於臨床價值與市場需求的成果轉化。

模擬與混合信號集成電路全國重點實驗室（AMSV）主要開展各種電子系統的尖端研究，聚焦模數轉換器和低功耗射頻芯片兩個主要研究方向，同時積極發展電源管理和微流控芯片研究方向。

智慧城市物聯網全國重點實驗室（IOTSC）是首個致力於智慧城市物聯網領域的全國重點實驗室，透過推進基礎理論、算法和系統，開發示範性的智慧城市應用。實驗室主要圍繞五個科研方向：智能傳感與網路通信、城市大數據與智能技術、智慧能源、智能交通、城市安全與災害防治。