澳門大學的誕生可追溯到1981年3月。當年Ricci Island West 有限公司獲澳門政府批租土地，由黃景強先生、胡百熙先生和吳毓璘先生創辦澳門首間現代大學 ─ 私立東亞大學，也就是澳門大學的前身。東亞大學的創立，標誌著澳門現代高等教育的開始。
東亞大學首任校長為薛壽生教授。大學以「仁義禮知信」為校訓，根據英式教育制度，設有預科學院和本科學院。建校初期，大部分學生均來自香港。隨著《中葡聯合聲明》在1987年簽署，澳葡政府開始籌備將私立東亞大學轉為公立大學，以配合澳門政權移交過渡期的人力資源需求。當時，東亞大學設立五個學院：本科學院、理工學院、預科學院、公開學院及研究院。
澳葡政府在1988年通過澳門基金會收購東亞大學並進行重組，新修訂的大學章程重組大學的管理架構，設校董會、顧委會和教委會。大學設立文學院、工商管理學院、社會科學院和科技學院。1989年，設立科技課程和教育課程，前者以培養本地科技人才為宗旨，後者則進一步加強本地中、小、幼教師的培訓工作。大學還開設法律課程和公共行政課程。同年，大學教學委員會下設研究委員會，以推動大學的學術研究發展。1989年成立工商管理學院、科技學院、教育學院。1990年大學將本科三年制改為四年制，並將本科學院重組，同年成立社會科學學院。1991年成立法學院。
上世紀90年代中期，是澳門大學迅速發展的階段，本科和碩士課程於1997年獲葡萄牙教育部認可；增設多項獎學金，吸引更多優秀學生入讀；加強與澳門社會的聯繫，與本地的公、私機構和教育機構簽訂合作協議，輔助及共同開展課程與研究項目。至1999年澳門政權交接前夕，澳門大學已擁有全日制學生2,865人，其中碩士和博士研究生佔539人。
1999年澳門回歸祖國，澳門大學在完成配合過渡期培養人才的使命後，也開始了新的發展階段。這時，大學增加學科、優化校園設施、提升師資質量和強化研究實力，並推動設置一系列新的學士和碩士課程、調低學費及提供獎學金和財政支援，使學生質素不斷提升。1999年，澳門大學首批推薦直接入學計劃的本科生入學，之後凡就讀於本澳中學六年級之優秀學生，經學校推薦可申請免試入讀澳門大學，並有機會獲發獎學金。
澳門回歸祖國後，特區政府領導層預見了澳門前所未有的發展前景。當時的行政長官和社會文化司司長接受了國際的普遍看法，認為由政府主導的本土大學已完成了歷史任務，今後澳門必需有一所現代化和國際化的大學，不單滿足本地市民的需要，更要激發本地社會的壯志雄心，去迎接將來的國際挑戰和機會。為此，特區政府於澳門回歸祖國後就鼓勵澳門大學硏究修章的工作，2001年，澳門大學重組校董會，委任專職主席，特區政府也於2002年以批示成立《澳門大學修章工作小組》，正式啟動澳門大學章程的修訂工作，並且強調修章的目的是要實現澳門大學的現代化和國際化，使澳門大學的發展能配合特區的將來。
經過長達數年的討論、諮詢和研究，新的《澳門大學法律制度》及《澳門大學章程》在2006年9月1日經立法會通過正式生效。大學成立新的管治架構，以校董會為最高管治機關來代替政府的直接監督，符合國際通行的高等教育模式，新章程賦與大學享有更獨立、自主和靈活的空間。澳門大學在2006年通過的修章帶來的學術自由和行政彈性加速了大學近年的發展步伐，使得澳門大學晉身現代化大學。
2009年為澳門大學發展里程碑的重要一年，全國人民代表大會常務委員會批准澳門大學在中國廣東省橫琴島建設新校區，並授權由澳門特別行政區依照澳門特區法律實施管轄。新校區於2009年12月20日舉行奠基典禮，國家和特區政府自此賦予澳門大學一個更重大的歷史使命：建設世界一流的大學。2013年新校園啟用，2014年順利完成遷校，正式在新校園上課。
澳門大學由創校時的數百名學生升至目前的一萬多人，澳門大學也發展成為一所教研並重，優秀學子選擇入讀的高等學府。