澳門科學技術發展基金
澳門科學技術發展基金旨在配合澳門特別行政區的科技政策的目標，對相關的教育、研究及項目的發展提供資助。研究資助項目包括：
- 一般科研資助項目
- 與國家科技部／國家基金委／廣東省科技廳／葡萄牙科技基金等的聯合資助
- 重點研發專項資助計劃
- 高等院校科研儀器設備專項資助計劃
- 實驗室與研發中心資助計劃等
教育及青年發展局
為了支援高等院校的活動，高等教育局特設高等教育基金；就高等院校興建院校設施和購買設備方面提供資助；資助學術研究計劃；獎勵或援助從事高等教育的教學或學術研究的人員等。其中學術研究資助項目包括：
- 澳門高等院校中葡人才培訓及教研合作專項資助
- 澳門高等院校人文社會範疇研究專項資助計劃
澳門基金會
澳門基金會，其宗旨為促進、發展和研究澳門的文化、社會、經濟、教育、科學、學術及慈善活動，以及旨在推廣澳門的各項活動。
廣東省科學技術廳
為深入實施創新驅動發展戰略，推動粵港澳科技創新協同發展，香港特別行政區、澳門特別行政區高等院校和科研機構可參與廣東省財政科技計劃（專項、基金等）其中包括粵港澳科技合作專題等。
廣州市科學技術局
澳門大學與廣州市科技創新委員會於2017年簽訂合作備忘錄，成為廣州市政府合作框架下的境外機構。廣州市科學技術局在其《廣州市科技創新發展專項資金項目─廣州市對外科技合作計畫對外研發合作專題》中，為澳大提供產學研的專項資助，以支持澳大與廣州市企業的產學研結合，以學術知識解決產業上的技術瓶頸。
深圳市科技創新委員會
深圳市科技創新委員會是深圳市的科技行政主管部門，統籌協調科技發展和創新能力建設，負責推進深圳自主創新體系建設，管理國家、省科技重大專項和科技計劃項目，擬訂幷組織實施科技發展重大佈局、優先領域規劃和政策，培育、扶持、服務高新技術企業，推動高新技術成果轉化及應用技術的開發和推廣，參與推動相關戰略性新興産業的發展，負責市高新區的建設和管理等。
珠海市科技創新局
珠海市科技創新局是珠海市人民政府工作部門，其職能之一是負責推動對外科技合作與科技人才交流，參與推進粵港澳大灣區科技創新合作與交流。
國家自然科學基金委員會
國家自然科學基金適應基礎研究資助管理的階段性發展需求，統籌基礎研究的關鍵要素，逐步構建探索、人才、工具、融合四位一體的資助格局。常見的項目類型如下：
- 面上項目
- 重大項目
- 青年科學基金項目
- 優秀青年科學基金項目
- 優秀青年科學基金項目（港澳）
- 海外及港澳學者合作研究基金項目
中華人民共和國科學技術部
根據《中華人民共和國科學技術部與澳門科學技術發展基金關於開展聯合資助兩地合作研發項目的協議》，澳門科學技術發展基金與國家科學技術部共同開展聯合科研資助項目計劃。