A UM encontra-se no 145.º lugar segundo o Times Higher Education (THE) World University Rankings. Posiciona-se no 14.º no THE Young University Rankings, no 34.º no THE Asia University Rankings e no 1.º lugar entre universidades da Associação das Universidades de Língua Portuguesa (AULP). A universidade está classificada na 285.ª posição no Quacquarelli Symonds (QS) World University Rankings, e 230.ª no Best Global Universities Rankings da U.S. News & World Report. Ademais encontra-se classificada entre os melhores 1% pela base de dados Essential Science Indicators (ESI) em 16 áreas: Engenharia, Ciência dos Materiais, Ciências da Computação, Química, Medicina Clínica, Farmacologia e Toxicologia, Psiquiatria/Psicologia, Ciências Sociais Gerais, Biologia e Bioquímica, Biologia Molecular e Genética, Ciência Agrícola, Economia e Gestão de Empresas, Ambiente e Ecologia, Neurociências e Comportamento, Geociências, e Matemática. Entre essas áreas, as de Engenharia, Ciências da Computação, e de Farmacologia e Toxicologia encontram-se nas melhores 0,1% do mundo.
A Faculdade de Gestão de Empresas da UM é acreditada por três importantes organismos internacionais: o Sistema de Melhoria de Qualidade da EFMD (EQUIS) da Fundação Europeia para o Desenvolvimento da Gestão (EFMD), a Association to Advance Collegiate Schools of Business (AACSB) e a Association of MBAs (AMBA).
Em 16 áreas, a UM encontra-se classificada entre os melhores 1% pelo Essential Sciences Indicators
No QS World University Rankings por área científica, as classificações da UM são as seguintes: entre as posições 51-100 em Gestão Hoteleira e de Lazer, 98.ª posição em Linguística, 151-200 em Sociologia, 201-250 em Psicologia, 251-300 em Língua e Literatura Inglesas, Educação, Ciência da Computação e Sistemas de Informação, e Farmácia e Farmacologia, 301-350 em Línguas Modernas, e Engenharia Electrotécnica e Electrónica, 351-400 em Direito, 370.ª posição em Artes e Humanidades, 401-450 em Ciências Sociais e Gestão, 401-550 em Ciência de Materiais, 451-500 em Matemática e Ciências Biológicas, 551-600 em Medicina, 551-700 em Economia e Econometria, e 601-650 em Estudos Empresariais e de Gestão.
No THE World University Rankings por disciplina, as classificações da UM são as seguintes: 83.ª posição em Estudos de Educação, entre as posições 101-125 em Ciências da Computação, Engenharia e em Psicologia, 151-175 em Medicina e Saúde, Ciências da Vida e em Ciências Sociais, e 176-200 em Artes e Humanidades, Negócios e Economia e em Ciências Físicas.
No Best Global Universities Rankings da U.S. News & World Report, as classificações da UM são as seguintes: entre as primeiras 50 posições em Educação e Investigação Educacional, Farmacologia e Toxicologia e em Engenharia Electrotécnica e Electrónica, e entre as posições 51-100 em Inteligência Artificial, Nanociência e Nanotecnologia, Física da Matéria Condensada, Humanidades e Artes, Ciências da Computação, Química Física e em Psiquiatria/Psicologia.