A UM encontra-se no 180.º lugar segundo o Times Higher Education (THE) World University Rankings. Posiciona-se no 14.º no THE Young University Rankings, no 34.º no THE Asia University Rankings e no 1.º lugar entre as universidades da Associação das Universidades de Língua Portuguesa. A universidade está classificada na 245.ª posição no Quacquarelli Symonds (QS) World University Rankings, e 262.ª no Best Global Universities Rankings da U.S. News & World Report. Ademais encontra-se classificada entre os melhores 1% pela base de dados Essential Science Indicators (ESI) em 15 áreas: Engenharia, Ciência dos Materiais, Ciências da Computação, Química, Farmacologia e Toxicologia, Medicina Clínica, Psiquiatria/Psicologia, Biologia e Bioquímica, Ciências Sociais Gerais, Biologia Molecular e Genética, Ciência Agrícola, Economia e Gestão de Empresas, Ambiente e Ecologia, Geociências, e Matemática.
A Faculdade de Gestão de Empresas da UM é acreditada por três importantes organismos internacionais: o Sistema de Melhoria de Qualidade da EFMD (EQUIS) da Fundação Europeia para o Desenvolvimento da Gestão (EFMD), a Association to Advance Collegiate Schools of Business (AACSB) e a Association of MBAs (AMBA).
Em 15 áreas, a UM encontra-se classificada entre os melhores 1% pelo Essential Sciences Indicators
Nos QS World University Rankings por área científica, as classificações da UM são as seguintes: entre as posições 51-100 em Gestão de Hotelaria e Lazer, 101-150 em Linguística, 151-200 em Língua e Literatura Inglesas, 201-250 em Educação e Formação, 251-300 em Psicologia e Sociologia, 301-305 em Línguas Modernas e em Farmácia e Farmacologia, 401-450 em Artes e Humanidades, Matemática e em Engenharia Electrotécnica e Electrónica, 401-550 em Ciências de Materiais, 451-500 em Medicina, 501-550 em Informática e Sistemas de Informação, 551-600 em Estudos Empresariais e de Gestão, 551-700 em Economia e Econometria e 601-650 em Ciências Biológicas.
Nos THE World University Rankings por disciplina, as classificações da UM são as seguintes: entre as posições 126-150 em Ciências da Computação, Estudos de Educação, Engenharia e em Psicologia, 151-175 em Ciências da Vida e em Medicina e Saúde e 176-200 em Direito, Ciências Físicas e em Ciências Sociais.